Webanwendungen sind serverseitige Anwendungen, bei denen Datenbank-, Geschäfts- und im Wesentlichen auch die Präsentationslogik auf dem Server, z. B. einem iSeries System, laufen. Die Präsentationslogik besteht vorwiegend aus dem Erzeugen von HTML-Text, der Client-seitig von einem Browser angezeigt wird. Lediglich in die HTML-Seiten eingebetteter JavaScript Kode für einfache Anzeige-Funktionen kann unter Steuerung des Browsers auf dem Client abgearbeitet werden.

So besteht der Client, meist ein so genannter Thin Client, dann nur aus einem Browser-Environment. Auf dem Server-System muss ein Application Server laufen, in dem die Anwendung installiert wird. Dafür kommen auf iSeries Tomcat oder einer der WebSphere Application Server in Frage. Letztere empfehlen sich wegen der Unterstützung durch viele professionelle Features, z. B. eine einfache Administration und Installation von Anwendungen, durch höhere Sicherheit, komplexere Anwendungsarchitekturen und Möglichkeiten der Optimierung der Performance.

Für die serverseitige Anwendung war lange Zeit bei der iSeries Java die einzige Programmiersprache. In letzter Zeit sind EGL und hinzu gekommen. EGL basiert auf Java und vereinfacht die Entwicklung beträchtlich. PHP als Skriptsprache wird wohl  hauptsächlichauf einfachere und kleinere Anwendungen beschränkt bleiben. Bei Java besteht die Anwendung technisch aus Servlets einschließlich der Java Server Pages (oder deren modernerer Variante Java Server Faces) für die Steuerung und Präsentation sowie Java Beans für die Geschäfts- und Datenbanklogik.

Weniger augenfällig ist jedoch die gegenüber einer vergleichbaren Client-seitigen Anwendung anspruchsvollere inverse Ablauflogik, die einem Request-Response-Paradigma folgt. Dafür gibt es Frameworks wie Struts oder die neuere Technologie der Java Server Faces, mit denen die veränderte Logik beherrscht werden kann.

RPG Programme und Service-Programme können auch Teil einer Webanwendung sein, sie müssen allerdings eine Aufrufhülle aus Java haben, die i. A. aus einer Schnittstellenbeschreibung in der XML Sprache PCML generiert wird. Diese wird in WDSC und RDi durch den so genannten Interaction Wizard oder vom RPG Compiler erzeugt.